Я делаю сайты на своем самописном движке. Всегда!

Все сайты под ссылки делаю с разделами “о компании”, “Новости”, “Контакты”, “Статьи по теме”, “Каталог продукции”.
Собственно, большинство страниц возникает именно из-за “каталога продукции”. Для того, чтобы не было склейки страниц каталога, написал скрипт, который из “статей по теме” рандомно дергает статью, из которой рандомно дергает фрагмент текста в 700-1000 символов. В среднем, из 50000 позиций при 100-е статей в индексе сидят около 35-40 тыс.

Один подобный сайт попал под АГС, в индексе остались только главная, контакты, статьи (поностью — 27шт. — рерайт) и новости (первые 5, на которые ссылки сразу с главной были — все новости были рерайт).

Как выходил:
1. Удалил “каталог”. Подождал несколько индексаций роботом.
2. Сделал раздел “Наши услуги”. Ссылка естественно другая, не как на каталог прежний.
3. Т.к. заголовки подразделов каталога автоматом писались в латинице в зависимости от названия на русском, переделал и их. Вместо “строительные материалы” стало “Консультации по/Оказываем помощь в и т.д./ строительные материалы”, ссылки на подразделы естественно также обновились.
4. Все названия позиций прогнал через синонимайзер. Ссылки на них по тойже схеме приняли другой вид.
5. Выложил все подразделы в “Услуги”, но по началу добавил только по 100-200 позиций в каждый. Подождал несколько заходов робота.
6. Появились сначала два раздела в индексе, стал добавлять в них еще позиции штук по 50 в день. Потом появились все разделы.

Также сменил навигацию для раздела “Услуги”. Перенес список поддразделов из левой колонки в правую, заменил этой менюшкой анонс новостей.
Таким образом спустя примерно 5-6 недель полностью вылез из-под АГС-а. На данный момент в индексе из ~22 тыс. ДО, сейчас сидят 18700.

PS не претендую на “абсолютно верное решение”, но лично у меня сработало.